杭州市第三人民医院眼科建立至今已有五十余年的历史，作为一个富有特色性的临床科室，杭州市第三医院眼科目前在杭州市乃至浙江省的医疗领域中享有良好的声誉。目前眼科在编人员有主任医师2人、副主任医师1人、主治医师2人、医师2人，护士1人。已经开展的手术有白内障、青光眼、视网膜脱离、角膜移植、泪道、眼肌等各类型手术。目前科内主要的设备有：眼电生理检查仪（重庆产）、静态视野仪（重庆产）、眼科A超（瑞士产）、角膜地形图（瑞士产）、眼底照相机（日本产）、非接触性眼压机（日本产）、多功能电脑验光仪（日本产）、同视机（国产）、角膜曲率仪（瑞士产）、间接眼底镜（苏州产），裂隙灯等一系列先进的检查和治疗设备。

九十年代以来，开展了眼科显微手术，将这一新技术应用于白内障、青光眼、眼球穿孔伤、泪小管断裂修补、角膜移植等各种手术中，扩大了手术的范围，提高了手术效果。开展眼电生理检查仪、静态视野仪、眼科A/B超、角膜地形图等各种检查仪器在临床的应用，提高了诊断和治疗的水平。完成了杭州市卫生局的课题《复方大黄口服液对病毒性角膜炎的免疫调制》，并获得省、市级的科技进步三等奖。近十年发表了论文15篇。