杭州市第三人民医院中医科成立于1956年，1986年设立中医病区，1982年设立中西医结合病区。目前科室在编人员4人，其中中西医结合主任医师1人，中医副主任医师2人，住院医师1人。在学科带头人全国名老中医金亚城主任医师带领下，中医科先后完成了科研课题12项，发表论文100余篇，其中性刊物2篇，刊物22篇，省级刊物49篇。获首届中国中医药文化博览会神农杯奖1项，省科技进步奖3项，市科技进步奖4项，专利1项。1992年中医科被评为“全国卫生系统先进集体”光荣称号。

杭州市第三人民医院中医科主要收治内科各系统疾病，对急性心肌梗塞、感染性休克、上消化道大出血、急性肾功能衰竭、脑血管意外等重症的抢救成功率达95%。