莆田市医院呼吸内科拥有纤维支气管镜室、肺功能室、多功能监护仪、快速血糖测定仪、输液泵，睡眠呼吸障碍诊疗中心及哮喘诊治中心。专业上已逐渐形成了自己的学术优势，尤其对呼吸系统危重病人的救治、经支气管肺活检（TBLB）、经皮肺组织活检、有创及无创人工机械通气治疗各种呼吸衰竭、应用肝素、尿激酶治疗肺梗塞等业务方面颇有特色。徐祖熹主任，关建华副主任是我市呼吸内科学科带头人。2003年非典爆发期间，全体医护人员共同奋斗实现了抗击非典和常规医疗工作“双赢”的大好局面。科室开展的新技术有：支气管内镜代胸腔镜检查，对胸膜腔疾病的诊疗提高到一个新的。对肿瘤、结核、慢性炎症、支气管淀粉样变、支气管软化症等所造成的气管、支气管狭窄等疾病，可以进行支架植入等技术。针对打鼾这一疾患，我院即已购买国内的60多导睡眠检测仪，率先在莆田市开展睡眠医学，填补了莆田市睡眠医学研究方面空白。