仙居县疾病预防控制中心于2000年11月正式挂牌成立，是在原仙居县卫生防疫站基础上组建的直属于卫生局的卫生事业单位。承担着全县传染病、慢性非传染性疾病的预防与控制、全县重大疫情和突发公共卫生事件的调查处置、卫生检验检测、健康教育与促进、儿童计划免疫、职业病危害预评价、科研培训等工作。中心现下设传染病防制科、慢性病防制科、环境医学科、卫生检验检测中心、结核病防治所等四个业务科和一个职能科。中心现有在职职工47名(编制45名)，离退休5名，共52名，其中专业技术人员41人，占在职人数的87.2%，职称3名(占6.3%)，中级职称21名(占44.6%),初级职称17名(占36.2%)。拥有全自动生化分析仪、原子吸收分光光度计、气相色谱仪、酶标仪、测汞仪、紫外可见分光度计、呼吸分析仪以及职业卫生监测用的全套设备等一批高精仪器设备，建有微生物实验室、理化实验室、艾滋病初筛实验室、职业卫生实验室等。是全县结核病控制归口管理单位，是犬伤与狂犬病疫苗预防接种定点诊治单位。