儿童保健科是以促进儿童身心健康、发挥儿童生命潜能为主要服务内容的保健一级科室。目前设有儿童普通保健门诊、儿童早期教育门诊、儿童心理门诊、儿童营养门诊、儿童康复门诊、高危儿随访门诊、体弱儿门诊、42天门诊、儿童听力筛查等。在南通率先成立儿童早教中心，为婴幼儿神经系统等运动功能的协调发展和健康成长奠定良好的基础。率先开展儿童运动发育迟缓及脑瘫的康复训练，为脑瘫儿带来了福音；儿童保健门诊开展生长发育监测、育儿指导、常见疾病的预防；营养门诊开展了微机个体及集体儿童膳食营养计算及膳食营养指导，指导托幼机构及儿童家长合理平衡膳食，进行营养性疾病的诊治；体弱儿门诊和高危儿门诊对体弱儿和高危儿进行了系统管理和随访；心理门诊开展儿童心理咨询及常见心理疾病的预防和治疗。科室还推出了家长学校、金卡宝宝套餐服务，受到家长们的一致好评。