感染性疾病科由预防保健科发展而来，当时预防保健科主要承担本院职工及老干部医疗保健工作，有专职人员收集全院传染病疫情并上报。二十世纪初预防保健科、传染科合并组建成立了感染性疾病科，目前主要是做好全院传染病预防、甄别、诊治、疫情疫报工作。传染科主要承担日常传染病防治工作，设有肝炎专科门诊、肠道专科门诊和发热门诊，担负肝病诊断治疗、夏季肠道疾病、发热预检分诊及门诊治疗工作。防保科承担传染病疫情疫报及健康宣教工作。

现感染性疾病科配备有职称专职医师，专职护士及专职疫情疫报人员。

近年来在医疗、科研、教学方面取得了很大成绩，不仅发表多篇医学论文，还承担福建省住院医师规范化培训内科基地、福建医科大学实习生带教临床教学任务。