肛肠科创建于1957年，始终以病人为中心，全心全意为人民服务为宗旨，不断发展壮大，被评为省级重点专科单位，全国肛肠临床药理基地（GCP）。师资、技术力量雄厚，现有正高5人、副高7人、享受特殊津贴1人、硕士研究生6人。现已成为全国的临床、教学和科研基地，为西南西北肛肠疾病防治中心。每年门诊检查治疗肛肠病人2万余人，收治住院病人3千余人，其中，外地病人约28％、疑难重症病人约35％，包括环状混和痔、高位复杂性肛瘘、高位直肠息肉、肛门畸形、直肠阴道瘘、三度直肠脱垂、骶前囊肿、出口梗阻性便秘、直肠癌等。擅长于手术治疗各种肛肠疾病，如：腰俞穴麻醉，“外剥内扎术”治疗痔疮，肛瘘切缝引流术，肛周脓肿一次术，双层注射治疗直肠脱垂，出口梗阻性便秘的治疗，肛门畸形整形治疗等。为全国早招收硕士研究生基地之一，先后培养硕士研究生30余人。现正在申报博士点，将成为全国仅有的肛肠专业博士培养基地。

先后和全国肛肠界共同研究：复杂性肛瘘的挂线治疗、直肠脱垂的注射治疗等。“复杂性肛瘘临床治疗研究”获四川省重大科技成果奖，“内口缝合药捻脱管治疗肛瘘”、“痔瘘口服液治疗痔疮的研究”均获四川省中管局科技成果三等奖。先后为兄弟单位验证新药十余项，院内科研十余项。研制肛门肛门镜、油膏枪、检查（换药）台、肛肠多功能专用手术床等医疗器械。肛肠科现成为全国中药肛肠GCP基地。肛肠科总结撰写临床经验、论文近百篇，在杂志和刊物上发表及全国各类学术会交流。曹吉勋主编《中国痔瘘学》，成为肛肠医师的教材和临床医师的参考书。并参与《中国肛肠病学》巨著10余章的编写任务。