本院建立后设神经外科专业，于1996年顾海波医师到山东医科大学附属医院神经外科进修学习一年，于1997年初成立神经外科专业，未设床位，专业人员1名（顾海波医师）。同年开展了硬膜外血肿、硬膜下血肿、脑内血肿、及高血压脑出血的手术治疗，开展了脑积水的脑室—腹腔分流术，脑室内出血的侧脑室外引流手术，小脑血肿CT定位钻孔置管引流手术。

1998年，专业人员1名（顾海波），未设床位，开展了室管膜瘤、脊椎管内肿瘤、听神经瘤的手术治疗。1999年10月，荷兰神经外科史蒂克博士来院讲学半月，并行腰椎间盘突出、硬膜外血肿等手术演示，举行手术讲座。同年开展了脑膜瘤、脑胶质瘤、脑室内肿瘤、小脑肿瘤的手术。2000年，从新汶矿务局医院引进神经外科，李继禄副主任医师。同年，李剑医师去山东医科大学附属医院神经外科进修学习一年，专业人员3名（李继禄、顾海波、李剑），开设床位6张，开展了脑动脉瘤夹闭术及三叉神经痛微血管减压术。2001年～2005年，专业人员2名（顾海波、李剑），开展了矢状窦旁脑膜瘤手术，巨大听神经瘤手术，小脑幕孔处血管网状细胞瘤手术，大脑半球胶质母细胞瘤手术，颅咽管瘤手术，脑动静脉畸形（AVM）手术，Chiari畸形手术等。2005年7月～9月，顾海波医师去北京天坛医院进修学习3个月。

2006年2月成立神经外科（外五），开设床位15张，同年，姜雷医师去青岛大学脑科医院进修学习半年，专业人员4人（顾海波、李剑、陈祥涛、姜雷），同年开展了垂体瘤手术。