传染科建于1983，发展至今已有20余年的历史。科室拥有固定床位53张，实际开放床位62张，共三个层面，一楼为肺结核科，二楼为肝炎病科，三楼为普通传染性疾病科。可同时收治结核病、肝炎病、麻疹、猩红热、水痘、流行性腮腺炎、肠道感染、伤寒、出血热等多种传染性疾病，并设有手足口病专诊输液病房，设有禽流感医学观察病房。

在2003年非典期间，传染科曾搬至兵希，2005年迁回总院，2006年改传染科为感染性疾病科。

现感染性疾病科拥有医护人员20余人，其中硕士研究生4人，已成功开展肝活检穿刺术，成功开展乙肝病毒基因分型及基因测序，正努力筹备与苏大附一院联合开展人工肝治疗项目。我院的感染性疾病科为苏州市结核病定点医院，目前的感染性疾病科，不仅担任全昆山传染病常规诊疗工作，还担任着全昆山突发公共卫生事件急诊救治工作。