长江航运总医院口腔科设有口腔内科，口腔颌面外科，口腔修复科，另配有口腔消毒室，口腔模型室，口腔技工室，口腔X光机室等。

口腔内科主要诊治牙体、牙髓、牙周以及口腔粘膜病，如龋齿填充、根管治疗、牙周炎治疗、美齿（即四环素牙、牙釉质不全、斑牙等治疗）、松牙固定，食物嵌塞的治疗，超声波洁牙和口腔溃疡的治疗等。

口腔颌面外科开展各种一般拔牙及复杂性拔牙术，颌面部外伤清创缝合术，粘液腺囊肿手术，皮脂腺囊肿摘除术，根尖囊肿切除术，小儿舌系带延长术等手术治疗。

口腔修复科，俗称镶牙科，主要诊治项目有：部分或全部牙齿缺失修复、牙体表面硬组织缺损、颌面部肿瘤手术后缺损修复等，如部分活动假牙、全口活动假牙、固定假牙、夹板、种植义牙等。特色项目有整铸支架义牙修复、烤瓷修复、贴面修复、隐形义齿修复等。