眼科下设医学验光配镜中心、弱视治疗及低视力康复中心。开展了眼科常见内外眼病及部分疑难眼病的手术治疗，拥有进口及国产手术显微镜各1台、美国产超声乳化仪、眼科A/B超、非接触眼压计、全自动视野计、以及和内分泌科合作项目眼底快速成像分析系统等。于1999年在南阳县级医院开展了白内障超声乳化及人工晶体植入术，曾在2006—2010年独立及分别承担了邓州市白内障“曙光行动”复明工程。