阿克苏地区妇幼保健院新生儿科承担着各县、市新生儿疾病诊疗和转诊，是地区新生儿窒息复苏培训基地，与宁波妇女儿童医院、乌鲁木齐市儿童医院、新疆自治区妇幼保健院形成共建医院，及时对重症患儿进行远程会诊、转诊，有效地降低了患儿死亡率。新生儿科是无家属陪护病区，现有床位20张，医护人员18名，其中主治医师1名，主管护师一名。拥有心电监护仪、蓝光治疗箱、婴儿培养箱、经皮黄疸仪、婴儿辐射保暖台、无创呼吸机等先进设备。