自1942年始收治传染病病人。2003年开设发热门诊。2012年，市公共卫生医学中心通过竣工验收，12月29日试运行。2013年7月，感染科病区整体搬迁至市公共卫生医学中心，我院仍保留感染科门诊、发热门诊、肝病门诊和肠道门诊。2014年台州市公共卫生医学中心（台州市感染病医院）通过台州市卫生局验收，正式运行。

台州市公共卫生医学中心建筑面积11688m2，核定床位188张，严格按照卫生部隔离病房标准建设，采用整体负压系统和空气消毒系统，三区（污染区、半污染区、清洁区）分布合理，是全市公共卫生突发处置技术指导中心和公共卫生疾病收治专科医疗机构。开设发热、肠道、肝病、肺结核、艾滋病专病门诊5个独立门诊单元，以及感染病、肺结核、肝炎、综合肝病、突发公共卫生区5个病区，已成功应对人感染H7N9禽流感以及埃博拉病等突发公共卫生事件，已成为台州市耐多药结核定点医院、艾滋病定点医院、埃博拉病定点医院，台州市医学会肝病学会主任委员单位，中心目前除收治麻疹、菌痢、水痘、腮腺炎、肺结核、病毒性肝炎、肾综合征出血热等经典传染病以及肝衰竭、消化道大出血、肝性脑病、肺结核大咯血等抢救外，正逐步向发热待查、颅内感染、自身免疫性肝病、脂肪肝等领域研究拓展，并酝酿成立肝癌MDT病房以及抗菌药物指导中心。