温州市第三人民医院妇产科于2000年8月被温州市卫生局评为市级重点学科。目前已成为温州市妇幼保健医疗科研教学领域的领头军。

温州市第三人民医院妇科分为肿瘤妇科、内窥镜科、普通妇科、内分泌科及不孕不育科和计划生育科。已广泛开展宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌、外阴癌等术。对肿瘤患者进行规范化化疗，对晚期妇科肿瘤的综合治疗水平较高。妇科内窥镜方面,自1996年率先在浙南地区开展腹腔镜、宫腔镜手术以来，一直保持在本地区的领先水平。开展各类腹腔镜、宫腔镜手术以及复杂尿瘘修补术和压力性尿失禁的手术治疗等。开展了电视腹腔镜下各类子宫全切除术、子宫肌瘤剥出术、附件手术及不孕、计划生育治疗等。同时亦开展了宫腔镜下子宫粘膜下肌瘤电切除术、子宫纵膈切除术、宫腔粘连松解术、保留生育功能深受广大病员欢迎。

温州市第三人民医院产科技术应急能力强，于1992年创建爱婴医院，1993年通过评审组评定，成为温州市家爱婴医院。1999年配备了产房中心监护系统，有效降低了围产期及孕产妇及新生儿死亡率。