晋江市医院晋南分院外二科集医疗、教学、科研、保健于一体，目前开放床位51张，设置普通外科、泌尿外科、神经外科、普胸外科及腔镜外科等二级学科。拥有医护人员23名，其中职称1名，中级职称5名，硕士研究生1名，护师4名。绝大多数医生分别在北京大学医学院附属第三医院、北京安贞医院、福建医科大学附属医院、福建医科大学附属第二医院、厦门中山医院、漳州市医院等国内医院进修，另有医院本部多名定期指导手术、教学查房。在全科医务人员的不懈努力下，目前已形成了一个专业梯队合理、诊疗规范、技术精湛、医德高尚的医疗团队，能适应现代化医院的发展要求。

普通外科常规开展乳腺良、恶性肿瘤的切除及术后化疗，各种甲状腺肿瘤切除及颈部淋巴结清扫，对胃肠道各种肿瘤开展全胃、远端胃、结直肠癌，开展消化性溃疡穿孔修补、胃大部切除；开展肝叶切除术、胆囊切除、胆总管切开取石，经胆道镜行肝内外胆管结石取石；开展脾切除、门脉高压分流、断流、无张力疝修补、大隐静脉曲张抽剥、复杂性肠粘连梗阻减压、粘连松解。腹腔镜外科常规开展腹腔镜下胆囊切除、胆总管切开取石术、阑尾切除、消化道穿孔修补消化道肿瘤术，甲状腺切除术，手术创伤小，术后恢复快，无明显手术疤痕减轻患者负担。

普胸外科对张力性气胸、外伤性液气胸、多发肋骨骨折等急危重疾病诊断准确，处理措施到位。