儿科为敦煌地区集临床、科研、教学为一体儿童诊疗中心。多年来承担敦煌地区儿科疑难、危重症的诊治及抢救及下级医院转诊工作。共开放床位36张。拥有多参数监护仪、婴儿培养箱温箱、新生儿红外线辐射抢救台，蓝光治疗箱，无创脉氧监护仪，微量血气分析仪，微量快速血糖分析仪，经皮胆红素测定仪，微量输液泵、婴儿氧舱等先进诊疗仪器及设备。新生儿病区为敦煌地区早开设的具专科实力的新生儿病区，通过与北京儿童医院、天津总医院儿科建立帮扶与合作，积累了丰富的临床经验，各类新技术的应用，使新生儿重度窒息、肺出血、颅内出血等危重症抢救成功率大大提高，

儿科非常重视学科建设，近年来先后有5项课题分别获酒泉地区科技进步奖2、3等奖，发表于或省级杂志的学术论文达数十篇以上。全科医务人员以病人为中心，救死扶伤，全心全意无私奉献为宗旨，在本地区享有较高的声誉。