南京鼓楼医院于1892年建院后即有药房，1951年底成立药材科，1989年更名为药剂科，2011年更名为药学部。目前是江苏省临床重点专科、卫计委临床药师制试点单位、卫计委临床药师/师资培训基地、中国药科大学临床药学教学基地、中国药科大学大学生校外实践基地，同时也是美国麻省医药与健康科学大学学院（波士顿）、加拿大曼尼托巴大学药学院、美国太平洋大学药学院以及国内多家药学高等院校学生实习基地。经过几代人的努力，药学部已从传统的药品采购供应，发展为集药品采购供应、药事管理、临床药学服务、科研教学为一体的综合性平台科室。

药学部设有中心质量管理（QC）组、药品库房、临床药学室、5个调剂药房、2个静脉药物配置中心。现有工作人员187人，其中本院151人，协作单位36人；药学专业人员135人，占72.0%，中、职称72人，占药学专业人员53.3%；博士学位7人，硕士学位44人，本科学位61人，本科以上学位人员占药学专业人员74.2%。

多年来，药学部坚持秉承“以病人为中心”的服务理念，始终把维护人民健康、保障患者用药安全有效放在工作首位，坚持以《医疗机构药事管理规定》、《药品不良反应报告与监测管理办法》、《处方管理办法》、《麻醉药品和精神药品管理条例》、《抗菌药物临床应用指导原则》等法律法规作为工作标准和指南，建有以各类规章制度、各级人员岗位职责说明书、标准操作规程以及绩效考核评估标准为支撑的质量管理体系，并在工作实践中不断完善。

为充分发挥药师的专业职能，通过不断完善药品供应管理系统的信息化、智能化水平，各级药师不断拓展药学服务职能，以临床用药需求为导向推动合理用药，协助医生制定各项用药规范，为患者提供相关咨询服务，确保患者用药安全、有效、经济、适当。

药学部不断加强医、教、研学科专业水平和人才队伍建设，通过与高等院校合作教学和科研工作、培养专职临床药师参与临床合理用药，学科综合竞争力不断夯实。2006年9月创办《鼓医药事》内部专业刊物。每年承担、厅级、市局级科研项目数十项，在SCI期刊、统计源期刊/核心期刊发表论文几十余篇，获、省、市级学术会议论文奖多篇。每年受邀多次参加和国内各级药学大会，并在大会做交流报告或壁报展示。现有硕士生导师5名，每年招收及培养硕士研究生数十名。承担卫计委临床药师/师资培训工作，每年带教全国各地临床药师/师资进修学员七十余名。承担南京大学、中国药科大学、南京医科大学、南京中医药大学等高校的理论课、临床见习教学工作，并承担各大院校本科实习生数六十余名。近年来。每年举办或承办或省级临床药学继续教育学习班，在业内获得排头兵殊荣。在复旦大学医院管理研究所发布的2015年度中国医院排行榜中，我院临床药学获提名，且在华东地区排名第五。