阿拉善盟中心医院病理科创建于1981年，前身为阿左旗人民医院病理室。

经过30多年的不断发展改善，现拥有上海产Leica机芯石蜡切片机、德国产LeicaCM1950型冰冻切片机、OLYMPUS显微镜、病理彩色图文报告系统、自动脱水机、液基细胞薄层制片仪、高性能全自动DNA倍体分析系统等。病理科现有工作人员3人，其中主任医师一人、主管医师一人、技师一人。承担着阿盟地区的细胞病理学、活体组织病理学和手术中快速活体组织病理学检查工作，每年完成活检1000多人次，细胞病理学检查1000多人次，开展数项特殊染色。

近年来，病理科不断开展新技术新业务，2007年率先在阿盟地区开展TCT新技术，2012年新增冰冻切片技术，2013年3月又引进一项肿瘤（包括宫颈癌）早期诊断新技术——细胞DNA定量分析，为治疗疾病提供可靠的诊断依据。在省级以上医学杂志发表论文16篇,在科研工作中取得了可喜的成绩。

病理科还承担了下级医院进修人员的培训及疑难细胞病理片的会诊工作，在辅助临床诊断，提高本院的整体诊断水平中，发挥着zhongyao作用，在地区享有较高的度。