儿科是妇幼保健院重点科室之一，是一个集临床、科研、带教为一体的综合性科室。人员设备合理，力量雄厚，长期的临床实践中形成了治疗小儿肺炎等呼吸系统疾病、小儿肠炎并脱水、手足口病、小儿惊厥、新生儿重度窒息、多器官功能损害、新生儿高胆红素血症、早产、极低体重儿、新生儿肺炎等方面处于儿科领先地位。除了精湛的医疗队伍，科室还拥有高素质的护理队伍，积极引进新技术、新业务，加强对儿科及新生儿疑难危重病的研究，制定了一整套儿科、新生儿常见病、疑难病、危重病的医疗与护理措施。常规开展静脉留置针置管、桡动脉采血、腋静脉置管穿刺、鸟巢护理、早产儿发育支持照顾等技术。目前儿科平均年急诊病人量达5万余人次，年住院病人约3000余人次。

儿科设有门诊部、病房部和新生儿重症监护中心。