神经外科现有病区二个，是安徽省重点特色专科、阜阳市县级重点学科，是市较早单独成科的神经外科疾病治疗专科。科室现有职称4名，中级职称6名。科室设有床位100张，其中重症监护病床4张，带床边心电及血压监测，拥有德国目乐神经外科显微镜、德国蛇牌开颅系统（钻铣磨一体）、Medical-2000立体定向导航系统、西门子数字血管造影机、美国产呼吸机、多参数监护仪等先进设备。学科总设显微神经外科、立体定向神经外科、血管内介入神经外科、神经外科重症监护四个亚学科，形成八个特色疾病诊疗特色。开展各种脑出血、各种脑外伤、脑、脊髓肿瘤、颅骨缺损、脑脓肿、脑积水等疾病诊治，其中重型颅脑损伤的亚低温治疗，高血压脑出血的微创手术治疗，颅底肿瘤及脊柱脊髓疾病的显微手术治疗和脑血管疾病（动脉瘤，AVM,烟雾病等）的介入治疗处于市领先水平。多项科研项目获阜阳市科技进步奖。