中国医学科学院皮肤病医院病理科，前身为北京中央皮肤性病研究所病理教研室，1984年迁入南京后更名为病理科。科室主要负责院内的病理检查与报告，全国的疑难病理会诊，培养病理学研究生的任务现有职工十人，分为临床组6人与技术组4人，分别负责病理报告的读片、审核、发出与病理制片，其中职称5人，中级职称3人。教学方面为中国协和医科大学皮肤病理学专业硕士与博士点，现有博士生导师1人，硕士生导师4人，享受特殊津贴2人。

病理科为中国皮肤病理重点科室，目前在国内皮肤病理诊断水平位列，日常工作中承担了大量的全国范围内的疑难病理的会诊与皮肤病理学科的教育教学工作现科内常驻研究生达到十余人，进修医师二十余人，为中国皮肤病理学界输出了大量人才。