海康门诊于1996年成立，由当时的临床科，中毒科，尘肺科，放射防护所等从事临床的医疗、职业病防治及检验等人员组成。主要承担职业病门诊、普通病门诊、住院部病人的临检、辅助检查及会诊、职业健康监护、职业病危害事故调查和驾驶员体检等任务。开展全省大型企业职业健康监护工作（美国GE塑料、深圳华为电子、壳牌石油、昊天化工集团、南海龙光集团、金霸王、美国科勒、英国BP石油化工、广州石化、高露洁、绿箭香口胶、黄埔船厂，黄埔电厂，力奇宝石等150家）。

门诊部设有职业中毒诊室、尘肺病诊室、物理因素疾病诊室、放射病诊室、内科、内儿科、妇科、五官科、中医科、康复理疗科等诊室及临床检验（生化、免疫、细胞学、微生物）等。