祁门县中医院外科，经过二十年的发展，综合实力不断提高。聘请安徽医科大学附属医院会诊、坐诊。目前，该科已能开展各种普外科手术，其中“微创小切口胆囊切除术”、“无张力充填式疝气修补术”独具特色。胃癌及直肠、胰腺等良性、恶性肿瘤、颈部甲状腺、乳腺及胆道、肝脏、脾脏的良恶性病变手术已广泛开展，疗效确切。

近年，泌尿外科添置了德国进口的WOLF膀胱镜、上海B超定位体外碎石，对各类泌尿系统、生殖系统的畸形、结石、肿瘤手术已广泛开展，其中肾癌、输尿管和膀胱癌的手术彻底，对前列腺的良性恶性肿瘤采用中西医结合的治方治疗法独树一帜，开展的结石专科、乳腺病专科为广大结石和乳腺病患者带来了福音。将新引进腹腔镜设备，届时可广泛开展微创手术和腹腔镜胆囊切除、阑尾切术及腹部其他手术。脑外科可开展颅内、椎管内、脑血管及脑外伤后遗症的救治。