福州总医院感染科前身是172医院传染科，于1987年与福州总医院合并为福州总医院传染科。是福州总医院主要科室，第二住院部重点科室。现为第二军医大学、福建医科大学、福建中医学院传染病临床教学中心，福州总医院肝胆病中心（第二住院部）、器官移植后肝病中心，302医院技术协作规范单位，福建中医学院、安徽医科大学硕士研究生培养点。科室以诊治肝炎、肝硬化为主项，对各型病毒性肝炎、肝炎后肝硬化、及其他感染性疾病和发热性疾病诊断、治疗具有丰富的经验。

科室有主任医师2名，副主任医师2名，博士1名，硕士2名。在近5年间共获得省级及军区科技进步成果奖3项，承担院内基金4项，福建省青年科技基金1项，论文40余篇，其中在期刊（SCI收录）发表论文3篇。

科室在乙肝抗病毒治疗方面积累了丰富的经验，严格把握慢性乙肝抗病毒治疗的时机和对象，在抗病毒治疗基础上，结合中医药调理和免疫调理，明显提高了抗病毒治疗的应答率和有效率。重型肝炎治疗：采用人工肝并结合中西医治疗及免疫平衡和抗病毒等综合治疗，并且使重型肝炎率大大提高，成立重症肝炎监护病房和专业医护队伍，治疗水平处于国内领先，成为科室特色。“CIK”治疗慢性乙型肝炎技术：主要是通过全面提高人体的免疫应答达到治疗乙肝的目的，是目前有潜力，也是临床治疗为显著的细胞免疫治疗乙肝的技术。